I programmi di investimento: 
•    nel caso della grande impresa, possono riguardare progetti di ricerca e sviluppo che possono essere integrati con progetti industriali a sostegno della valorizzazione economica dell’innovazione e dell’industrializzazione dei risultati della ricerca oppure progetti industriali per lo sfruttamento di tecnologie o soluzioni innovative nei processi, nei prodotti o nei servizi e nell’organizzazione;
•    nel caso delle piccole e medie imprese aderenti, devono riguardare investimenti in attivi materiali, che devono essere obbligatoriamente integrati con investimenti in ricerca e sviluppo e/o con investimenti in innovazione tecnologica dei processi e dell’organizzazione. Inoltre possono essere previsti investimenti in servizi di consulenza riguardanti l’ambiente, la responsabilità sociale ed etica, l’internazionalizzazione d’impresa e l’e-business, nonché la partecipazione a fiere. 

Le spese ammissibili sono le seguenti.
In particolare, nell’ambito degli Attivi materiali (investimento) sono ammissibili:

a) acquisto del suolo aziendale e sue sistemazioni entro il limite del 5% dell’importo dell’investimento in attivi materiali;
b) opere murarie e assimilabili (incluso l’acquisto dell’immobile);
c) acquisto di macchinari, impianti e attrezzature varie, nuovi di fabbrica, ivi compresi quelli necessari all’attività di rappresentanza;
d) acquisto di brevetti, licenze, know how e conoscenze tecniche non brevettate, nuove tecnologie di prodotti e processi produttivi, per la parte in cui sono utilizzati per l’attività svolta nell’unità produttiva interessata dal programma.

Le spese per opere murarie e assimilabili relative ad interventi di ampliamento o di riqualificazione di immobili esistenti, nonché quelle relative a nuova costruzione, sono ammissibili solo nei casi in cui l’impresa dimostri, attraverso una relazione dettagliata, corredata da documentazione probatoria, che l’assenza di agevolazione su tali spese, in ragione delle caratteristiche tecnologiche e localizzative dell’iniziativa, ne inficerebbe la redditività e le opportunità di innovazione e sviluppo. In caso di acquisto di immobili, sono ammissibili esclusivamente i costi di acquisto di attivi da terzi che non hanno relazioni con l'acquirente; la transazione deve avvenire a condizioni di mercato. Non è ammissibile l’acquisto di immobili che siano stati oggetto di agevolazione nei dieci anni precedenti la domanda di agevolazione.

Le spese per l’acquisto di programmi informatici sono ammissibili ove commisurati alle esigenze produttive e gestionali dell’impresa. Per le grandi imprese, i costi degli attivi immateriali (programmi informatici, brevetti, licenze, know how e conoscenze tecniche non brevettate, nuove tecnologie di prodotti e processi produttivi) sono ammissibili non oltre il 50% dei costi totali d'investimento ammissibili.

Per le PMI aderenti sono ammissibili anche le spese relative a studi preliminari di fattibilità nel limite dell’1,5% dell’importo complessivo delle spese ammissibili. Le spese per progettazioni e direzione lavori sono finanziabili nel limite del 6% delle voci relative a opere murarie e assimilabili (incluso l’acquisto dell’immobile).

Nell’ambito di investimenti in Ricerca e Sviluppo sono ammissibili:

a) ricerca industriale;
b) sviluppo sperimentale.

Inoltre, esclusivamente per le PMI aderenti sono anche ammissibili investimenti relativi a studi di fattibilità tecnica.

In particolare, sono ammissibili le seguenti spese:

a) spese di personale (ricercatori, tecnici e altro personale ausiliario nella misura in cui sono impiegati nel progetto di ricerca), a condizione che lo stesso sia operante nelle unità locali ubicate nella regione e nel rispetto della procedura dei costi standard (Decreto Interministeriale MIUR MISE prot. n.116 del 24/01/2018 “Semplificazione in materia di costi a valere sui programmi operativi Fesr 2014-2020: approvazione della metodologia di calcolo e delle tabelle dei costi standard unitari per le spese del personale dei progetti di ricerca e sviluppo sperimentale”; nota del 21 marzo 2018 del Ministero dell’istruzione, dell’Università e della Ricerca prot. n.4879);
b) spese della strumentazione e delle attrezzature utilizzate per il progetto di ricerca e per la sua durata;
c) le spese per la ricerca contrattuale, le conoscenze e i brevetti acquisiti o ottenuti in licenza da fonti esterne alle normali condizioni di mercato tramite una transazione effettuata e che non comporti elementi di collusione, nonché spese per i servizi di consulenza e servizi equivalenti utilizzati esclusivamente ai fini del progetto;
d) le ulteriori spese generali direttamente imputabili al progetto; 
e) altri costi d’esercizio, inclusi costi dei materiali, delle forniture e di prodotti analoghi, direttamente imputabili al progetto.

Nell’ambito di investimenti in Innovazione tecnologica, dei processi e dell’organizzazione proposti dalle PMI aderenti sono ammissibili:

a) servizi di consulenza in materia di innovazione;
b) servizi di consulenza e di supporto all’innovazione;
c) messa a disposizione di personale altamente qualificato da parte di un organismo di ricerca;
d) servizi per l’innovazione dei processi e dell’organizzazione.

Nell’ambito di investimenti per l’acquisizione di servizi proposti dalle PMI aderenti sono ammissibili:

• l’acquisizione di servizi di consulenza per l’innovazione delle imprese e per migliorare il posizionamento competitivo dei sistemi produttivi locali, riguardanti l’ambiente, la responsabilità sociale ed etica, l’internazionalizzazione d’impresa e l’e-business; 
• la partecipazione a fiere.

Le agevolazioni sono concedibili per
(nel caso di investimenti in Attivi Materiali di importo ammissibile INFERIORE ad € 50.000.000,00)

• “Acquisto del suolo e sue sistemazioni” e “Opere murarie e assimilabili” nei seguenti limiti:
  - 15% per le grandi imprese;
  - 20% per le medie imprese;
  - 25% per le piccole imprese.
   
• “macchinari, impianti e attrezzature” e “acquisto di brevetti, licenze, ed altri beni immateriali”, nonché – limitatamente alle PMI aderenti – delle spese per gli studi preliminari di fattibilità e per progettazioni e direzione lavori, nei seguenti limiti:
  - 25% per le grandi imprese;
  - 35% per le medie imprese;
  - 45% per le piccole imprese.

(nel caso di investimenti in Attivi Materiali di importo ammissibile PARI O SUPERIORE ad € 50.000.000,00 e sino ad € 100.000,000,00)

• gli investimenti in Attivi Materiali (“Acquisto del suolo e sue sistemazioni”, “Opere murarie e assimilabili” “macchinari, impianti e attrezzature” e “acquisto di brevetti, licenze, ed altri beni immateriali”) realizzati delle grandi imprese sono concesse nel limite del 18%.

Le intensità di aiuto possono essere ulteriormente incrementate sino al raggiungimento dell’intensità massima di aiuto prevista dalla Carta degli Aiuti vigente per gli Attivi Materiali, al ricorrere delle seguenti circostanze:

a) per le imprese che si associano nella forma della rete d’impresa (con l’eventuale partecipazione di una start up e/o di una impresa innovativa) e per le piccole e medie imprese che hanno conseguito il rating di legalità;
b) per le imprese che prevedono un incremento occupazionale pari almeno ad 1 ULA per ogni 300.000 euro di contributo ricevuto o che si obbligano al mantenimento del livello occupazionale a regime per un periodo di tempo superiore di almeno un anno oltre ai tre successivi all’anno a regime;
c) per le imprese che dimostrano particolare attenzione all’occupazione femminile o alla valorizzazione del capitale umano entro il terzo anno successivo all’esercizio a regime;
d) per le imprese che implementano sistemi produttivi sostenibili, in linea con i principi di economia circolare, con un impatto duraturo e di lungo termine;
e) per imprese che realizzano spese necessarie all’acquisto e al recupero di immobili esistenti e non utilizzati ove acquisibili e restaurabili;
f) per le imprese che localizzano l’iniziativa nell’ambito delle due ZES pugliesi, “Adriatica” e “Jonica”.

L’intensità di aiuto per le tipologie di investimento in R&S, non può superare:

a) il 50% per le grandi imprese, il 60% per le medie imprese ed il 70% per le piccole imprese, per la ricerca industriale;
b) il 25% per le grandi imprese, il 35% per le medie imprese ed il 45% per le piccole imprese, per lo sviluppo sperimentale.

L’intensità di aiuto prevista per le PMI aderenti relativamente a “studi di fattibilità tecnica” non può superare il 50% della spesa ritenuta congrua, pertinente e valutata ammissibile.

L’intensità di aiuto per la ricerca industriale e lo sviluppo sperimentale può essere aumentata di una maggiorazione di 15 punti percentuali, se è soddisfatta una delle seguenti condizioni:

a) il progetto:
- prevede la collaborazione effettiva fra imprese, di cui almeno una è una PMI, e non prevede che una singola impresa sostenga da sola più del 70% dei costi ammissibili, o
- prevede la collaborazione effettiva tra un’impresa e uno o più organismo di ricerca e di diffusione della conoscenza, nell’ambito della quale tali organismi sostengono almeno il 10% dei costi ammissibili e hanno il diritto di pubblicare i risultati della propria ricerca; oppure

b) i risultati del progetto sono ampiamente diffusi attraverso conferenze, pubblicazioni, banche dati di libero accesso o software open source o gratuito.

Le agevolazioni per aiuti all’innovazione tecnologica, dei processi e dell’organizzazione sono concesse alle PMI aderenti nel limite del 50% della spesa complessiva ritenuta congrua, pertinente e valutata ammissibile.
Le agevolazioni relative ai servizi di consulenza sono concesse alle PMI aderenti nel limite del 45% della spesa complessiva ritenuta congrua, pertinente e valutata ammissibile. Tale limite è elevabile al 50% per le PMI aderenti che hanno ottenuto il Rating di legalità e per le imprese che si associano nella forma della rete d’impresa.